ユーザーにはメール配信せずに、 ステップメールの「配信後に実行するコマンド」にある別シナリオへの登録やポイント付与、LINEメッセージ送信だけを行う方法はありますか？
はい、あります。
ユーザーにはステップメールを送らずに「配信後に実行するコマンド」だけを実行したい場合は、ステップメールの新規作成・編集画面で「ユーザーにはメールを送らない」機能をONにします。
設定方法
１．ステップメールの編集画面を開き、「ユーザー向けメールに関する設定」より「ユーザーにはメールを送らない」にチェックを入れます。
「ユーザーにはメールを送らない」にチェックを入れることで、このステップメールデータはユーザー宛に配信されなくなります。
ただし、設定したその他の内容はそのまま適用されるため、ステップメールの配信タイミングにあわせて「配信後に実行するコマンド」に設定した機能や、販売者向けの通知メールだけを送ることができます。
２．「▼配信後に実行するコマンド」で、必要な通知・連携設定を行います。
配信後に実行するコマンドの機能は、下記マニュアルを参考にしてください。
参考：機能解説：配信後に実行するコマンド
３．設定内容を保存します。
これにより、ユーザーにステップメールを送らずに「配信後に実行するコマンド」機能を利用することができます。
「ユーザーにはメールを送らない」にチェックを入れたステップメールは、ステップメール管理画面上でアイコンが表示されます。
注意事項
「ユーザーにはメールを送らない」にチェックを入れたステップメールは、ユーザーにはメール本文が送信されません。
また、設定をONにしているメールでは、「テストメール送信」の利用はできません。
実際の運用前には、メールの設定内容や実行したい処理の内容をよく確認するようにしてください。
また、「配信後に実行するコマンド」で設定できる機能について、一部機能はご契約プランや連携設定の状況によって利用可否が異なります。
詳細は下記マニュアルを参考にしてください。
関連：機能解説：配信後に実行するコマンド
関連：画面説明：ステップメール作成・編集