メールのURLをクリックした人だけを別シナリオへ分岐して専用のメールを送れるようにしたいのですがどうすればよいでしょうか？

別シナリオへ分岐登録する際に「ステップメール」のチェックボックスをONにすることで、分岐先のシナリオでのステップメールを送ることができるようになっていますが、ここでの「ステップメール」とは「本登録完了時」タブのステップメールではなく、「本登録中」タブのステップメールのことになります。

登録先シナリオでステップメールを送りたい場合は、「本登録完了時」タブのステップメールではなく、「本登録中」タブのステップメールとして作成する必要があります。

参考：ステップメールの「本登録中」と「本登録完了時」の違い

シナリオ分岐の機能はいろいろと使い道があります。

例えば、メールにリンクを載せてワンクリックアンケートをする場合、「興味のあることをクリックしてください」というようにメールを作ります。

参考：メルマガでのワンクリックアンケートの設置はできますか？

そして、それぞれのリンクをクリックした人に、その興味のある内容に関するステップメールを流したり、興味のありそうな人だけに限定してオファーを送ったりすることができます。