１シナリオ内で、ユーザーが選択したお支払方法によって紹介報酬が発生するタイミングや金額を変更することはできますか？
例えば、一括決済で購入された時は紹介報酬も一括で300円、3分割決済で購入された時は100円×3回の形で紹介報酬が発生するようにしたいです。
はい、可能です。
有料商品販売用シナリオの
シナリオ管理メニュー ＞ 紹介（パートナー）設定 ＞ 紹介報酬金額設定
にて、「支払方法」を指定して紹介報酬（アフィリエイト報酬）を設定することで、ユーザーが選択したお支払方法によって紹介報酬を発生させるタイミングや、金額を変更することができます。
紹介機能を利用する際に必要な設定や運用の流れや、有料商品の販売方法については下記のマニュアルをご覧ください。
参考：MyASPでアフィリエイトをする方法を教えてください
参考：MyASPで有料販売する方法を教えてください
設定方法
本マニュアルでは、有料商品シナリオで「一括決済」と「分割決済（3分割）」のお支払方法を設定し、
一括決済：初回決済完了時に紹介報酬を300円発生させる
分割決済：決済が完了する度に紹介報酬を100円発生させる（100円×3回）
のように紹介報酬を発生させる方法を例に説明します。
１．支払方法を設定する
１）シナリオ管理メニュー ＞ 販売設定 をクリックします。
２）「一括決済」と「分割決済（3分割）」のお支払方法をそれぞれ用意します。
２．報酬の金額を設定する
１）シナリオ管理メニュー ＞ 紹介（パートナー）設定 をクリックします。
２）「紹介機能の有効/無効」で、『紹介機能を使う』を選択します。
３）「紹介報酬金額設定」にて、支払方法列に「１．支払方法を設定する」で設定した一括決済の支払方法を指定し、紹介報酬を設定します。
一括払いは初回決済完了時に紹介報酬を300円発生させたいため、「初回支払い完了時」に「300」と指定します。
４）「行の追加」をクリックして報酬設定欄を追加します。
５）支払方法列に「１．支払方法を設定する」で設定した分割決済の支払方法を指定し、紹介報酬を設定します。
分割決済は決済完了する度に100円（100円×3回）の紹介報酬を発生させたいため、「初回支払い完了時」と「2回目以降支払完了時」に「100」と指定します。
以上の設定を行うことで、パートナーサイトでは以下のように支払方法毎に紹介報酬が表示されます。
また、実際に有料商品シナリオに登録された場合、
一括払い：初回決済完了時に300円
分割決済：初回決済完了時に100円、その後の支払い回数に応じて100円
のように、支払方法毎に異なる紹介報酬を発生させることができます。
補足事項
一般報酬単価設定や特別単価設定で設定した紹介報酬の優先度については、下記マニュアルをご覧ください。