購入者の手違いでアフィリエイター経由で申し込まなかった場合で、後からアフィリエイターへの報酬のヒモ付けはできないですか？
アフィリエイターへの報酬紐付けは、
売上情報画面（下記画像）で行います。
売上情報画面に移動するには、
「ユーザー一覧」（読者一覧）、または、「売上レポート」から、
該当ユーザー（売り上げ）の左にある「￥」マークをクリックすると開くことができます。
画像の赤枠の部分「パートナー変更」をクリックして紐付けたいパートナーを選択して「保存」クリックすることで、パートナーを紐付けることができます。
その後、同画面の下にある売上詳細の編集ボタンで、
報酬金額を変更していただく、
という流れになります。