現在までで、すでにステップメールの配信が終わっているユーザーは
手動で新しいシナリオに入れなければならないのでしょうか?

申し訳ありませんが、手動でやっていただく必要がございます。
しかし、全ユーザーを手動で登録しなおさなくても、
以下のどちらかの方法でしたら、簡単に移行ができます。

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■方法1
現在までで、すでにステップメールの配信が終わっているシナリオに対して、
ユーザー移行用のステップメールを最後に追加します。

メリット :自然な流れで新しいシナリオに合流できます。
デメリット:配信時間の調整によっては、合流までに時間のバラつきが出てしまいます。
      ご自身への通知メールが届いてしまいます。

追加するユーザー移行用のステップメールの設定は下記のとおりです。

1)「販売者への通知メール」の「通知メールを送る」にチェックします。
  「ユーザーにはメールを送らない」にチェックします。
  ※この設定をすることで、ユーザーにはメールを送らず、
   ユーザー移行の処理のみを行えます。
  (ただし、ご自身への通知メールは発生してしまいます)

2)「配信スケジュール」の「配信時間」を
  最終ステップメールの後になる時間を指定します。
  (例えば、
   最終ステップメールが7日後の19時の場合は、
   7日後の20時などに設定するなど)

現在までですでにステップメールの配信が終わっているユーザーは、手動で新しいシナリオに入れなければならないのでしょうか?2

3)「配信後に実行するコマンド」で以下の設定を登録します。
   「別シナリオへの登録」でユーザー移行先のシナリオを選択します。

   移行先のシナリオでステップメールを配信したい場合は、
   「登録先シナリオのステップメールの配信登録」で
    ・本登録中のステップメールを一緒に登録する
    ・本登録完了時のステップメールを一緒に登録する
   にチェックを入れます。

  (有料商品の場合は、「登録先シナリオの初期受領状態」や
    「登録先シナリオの支払方法」も選択します。)

メールの「▼配信後に実行するコマンド」で同時登録した場合、
ステップメールの配信は
「登録先シナリオのステップメールの配信登録」で
選択したタブのステップメールのみが配信予約されます。

移行先のシナリオの
 シナリオ管理メニュー > 自動返信・ステップ管理
の「本登録完了時」タブ、「本登録中」タブに登録されている
ステップメールに併せて配信したいステップメールの登録を選択してください。

例)
サンクスメールとメインコンテンツを配信したい場合は
・本登録中のステップメールを一緒に登録する
・本登録完了時のステップメールを一緒に登録する
のどちらにもチェックをいれます。

サンクスメールだけを送りたい場合は
・本登録完了時のステップメールを一緒に登録する
にチェックを入れます。

サンクスメールは送らず、メインコンテンツだけを配信したい場合は
・本登録中のステップメールを一緒に登録する
のみにチェックを入れます。

4)「既存ユーザーへの配信登録オプション」で「すべての人に登録する」を選択します。

現在までですでにステップメールの配信が終わっているユーザーは、手動で新しいシナリオに入れなければならないのでしょうか?4

5)「更新する」をクリックします。

また、まだ配信中のメルマガが残っているユーザーに対して、
最終ステップメールでユーザー移行先のシナリオへ登録させる処理を設定することもできます。

この場合、新しく追加したユーザー移行用のステップメールが不要になりますが、
「配信解除」で「送信後配信解除(解除メールは送信しない)」を
選択しておくことで、新しく追加したユーザー移行用のステップメールは無視されます。

全員が移行できたことをご確認後は、削除していただいても構いません。

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■方法2
「ユーザー一覧」より対象を絞り込みCSV出力後、新しいシナリオへCSV一括登録する。

メリット :すぐに合流が終わります。
デメリット:登録項目が違う場合、CSVファイルを編集する必要があります。

1)「ユーザー一覧」より、「詳細検索」の「最終ステップ」で絞り込み検索をしたうえで、
  ページ下部にあります「CSV出力」でCSVファイルをダウンロードします。

2)必要に応じてCSVファイルの編集をします。

3)ユーザー移行先シナリオの「ユーザーCSV一括登録」にて、
  ダウンロードしたCSVファイルをアップロードします。

  ※このとき、同時にステップメール(「本登録中」ステップメール)を登録するに
   チェックを入れるのを忘れないようにしてください。

現在までですでにステップメールの配信が終わっているユーザーは、手動で新しいシナリオに入れなければならないのでしょうか?7

※参考記事:
ユーザーCSV一括登録をしたのですが、ステップメールが送られない場合は、どうすればいいですか?

<<参考>>
データの食い違い等がご心配な場合は、
方法1を設定していただいたほうがよろしいかもしれません。