Q.シナリオでステップメールを下記のように登録しましたが、
  設定した時間に配信されなかったので、その理由を知りたいです。

   1通目:配信条件 登録から0日後の21:05に配信
   2通目:配信条件 1通目から2日後の21:00に配信
   
  ある日の18時にCSVファイルにて読者を一括登録しました。

  1通目の条件から、当日の21:05に配信されると思ったが配信されませんでした。

おそらく、CSVファイルから一括登録した際に、「メール配信に関するオプション」の
「同時にステップメール(「本登録中」ステップメール)を登録する」に
チェックしていなかった事が原因だと考えられます。

ユーザーCSV一括登録をしたのですが、ステップメールが送られない場合は、どうすればいいですか?1

こちらの「同時にステップメール(「本登録中」ステップメール)を登録する」に
チェックを入れることで、「本登録中」に登録されているステップメールを、
ユーザー登録時に各ユーザーへ登録することができます。

参考記事:メールが届いていない場合の確認手順

また、CSV一括登録時のステップメールの配信予約方法につきましては、
下記マニュアルをご参照ください。

CSV一括登録するときに、ステップメールを途中のステップから登録させるには?